На следующем этапе работы с текстом Сологуб устранил чрезмерные повторы и «излишества» в содержании романа.
Рукопись поступила в Публичную библиотеку в декабре 1919 года от автора, хранится в фонде Сологуба (РНБ. Ф. 724. № 2 и № 3). Вероятно, этот экземпляр представлялся в редакцию журнала «Вопросы жизни», о чем может свидетельствовать регистрационная отметка, сделанная синим карандашом в верхнем левом углу обложки первой тетради, — «№ 173 / 24 август».
Рукопись состоит из 29 тонких школьных тетрадей (всего — 464 листа, 858 рукописных страниц), соответствующих 29 главам текста; в каждой тетради единообразно, загибом края листа, выделены поля. Эпиграф и дата окончания романа в рукописи не обозначены (на последней странице авторская помета — «Конец»). В тетради с текстом главы XXIV имеются четыре авторских карандашных рисунка, на которых изображены персонажи «Мелкого беса», среди них (предположительно) — автопортрет.
Текст романа аккуратно перебелен, авторская правка (карандашом и чернилами) сведена до минимума и относится главным образом к исправлениям синтаксиса или личных имен (как правило, фамилия заменена именем героя), вставки на полях редки. Объем текста ранней редакции в беловом автографе значительно уменьшился по сравнению с черновым автографом. Сологуб изъял из романа большое число второстепенных эпизодов бытового или натуралистического плана, не существенных для понимания художественного замысла и не добавляющих ничего нового к характеристикам персонажей.
Он сохранил в романе главы, повествующие о пребывании в городе Тургенева и Шарика (за исключением эпизода столкновения писателей с прокурором Авиновицким), а также главы и фрагменты эротического и садо-мазохистского содержания. Весь этот объемный содержательный пласт, за некоторыми исключениями, впоследствии был, однако, вычеркнут: в рукописи имеются аккуратные единообразные перечеркивания карандашом эпизодов и целых глав, которые отсутствуют в опубликованном тексте.
Условия публикации «Мелкого беса», выдвинутые цензурой и редакцией журнала, по-видимому, были достаточно жесткие. Среди отвергнутых фрагментов встречаются эпизоды, вычеркнутые в рукописи не по эстетическим или цензурным соображениям, а из перестраховки, и, в конечном результате, все же вошедшие в текст журнальной публикации:
сцена медицинского осмотра Саши в кабинете у Хрипача и последующее объяснение по этому поводу директора с Передоновым (гл. XIII и XIX);
эпизод наказания Миши Адаменко сестрой после сватовства Володина (гл. XV); визит Передонова к председателю земской управы Кириллову (гл. X);
рассказ о наказании Антоши Гудаевского (гл. XVII) — глава, из которой при публикации было изъято только окончание.
Ранняя редакция романа по отношению к опубликованному тексту «Мелкого беса» обладает статусом самостоятельного художественного целого. Она отличается от него объемом, распределением материала по главам (в ранней редакции — 29 глав, в опубликованном тексте — 32) и соответственно положением разделов глав, разночтениями в композиции и содержании текста — вследствие наличия в ней миниатюрного, но чрезвычайно существенного для понимания авторского замысла, сатирического сюжета о писателях, а также больших фрагментов и глав, нарочито иллюстрирующих «свинское» и «садо-мазохистское» основание «передоновщины».
Первые главы «Мелкого беса» (I–III) появились на страницах «Вопросов жизни» в июне 1905 года. Еще в первой половине этого года Сологуб продолжал редактировать роман. После изъятия вычеркнутых на предварительном этапе глав и эпизодов он внес в текст новую правку. Она не отражена в беловом автографе романа. Тем не менее, при сопоставлении рукописной и журнальной редакций «Мелкого беса» выявляется целый комплекс разночтений — композиционных, стилистических и смысловых.
В результате изъятия сюжета о Тургеневе и Шарике Сологуб был вынужден переработать главы, в которых рассказывается об обеде у Передонова, о вечеринке у Грушиной, о свадьбе Передонова и Варвары, о приеме у Хрипачей и маскараде. В процессе правки он вновь перераспределил границы отдельных глав, в некоторых частях восполнил отсутствие логических переходов, в том числе возникших после упразднения отвергнутых эпизодов. Выпавшая сцена сечения Варвары крапивой, например, была восполнена вставкой:
...«У всех спрашивала она — не знаете ли средства? — Теперь Преполовенская была уверена, что Варвара по ее указанию будет усердно натираться крапивой, и так сама себя накажет» (№ 6, с. 132).
В отдельных случаях писатель распространил фразы посредством — сравнительных оборотов (например: «Марта смеялась тоненьким, радостным смехом, как смеются благонравные дети…» [№ 6, с. ИЗ]);
— дополнений или уточнений (наподобие: «Она была красная, растрепанная, грязная, и от нее далеко пахло водкой»; «…закричала Ершова, подступая к ней со сжатыми кулаками»; «Плюньте вы им в морды, барыня хорошая, ничем с такими расподлыми людишками возжатъся…» [№ 6, с. ИЗ, 130, 131]);
— заменил неточные слова или выражения (например, было: «А русалка валялась на полу, и хохотала» [№ 3. Л. 247]; исправлено: «А русалка лежала на полу, и хохотала» [№ 9, с. 121]; было: «демонические стихийные восторги» [№ 3. Л. 95 об.], исправлено: «дионисийские» [№ 10–11, с. 134]);
— смягчил разговорную экспрессию (было: «ляпнет какую-нибудь похабщину» [№ 3. Л. 32], исправлено: «ляпнет что-нибудь без предварительной цензуры» [№ 10–11, с. 100]);